Uma das cenas mais icônicas da trilogia é a conversa entre Neo e Morpheus, na qual este afirma que Matrix é uma ilusão e que os sentidos não são confiáveis para apreender a realidade. Infelizmente, o diálogo é interrompido abruptamente, impedindo que Morpheus continue o raciocínio, deixando a noção de realidade incompleta.
A ideia de que a realidade é apreendida pelos sentidos remonta a Aristóteles. Santo Tomás de Aquino aprofunda essa visão ao observar que o intelecto processa e abstrai o que os sentidos captam. Sem isso, nenhuma conclusão pode ser tomada, nem de que os sentidos são confiáveis ou não.
Logo, se os sentidos não conseguem apreender a realidade, a mente não perceberia que há algo de errado com o Sistema. Desconfiar dos sentidos é uma negação perigosa que mina o próprio raciocínio e a capacidade de agir. Se não podemos confiar nos próprios sentidos, como apreender a realidade ou, pior, como inferir que há uma realidade?
Ao questionar a própria apreensão da realidade, percebe-se no segundo filme que o declínio da sociedade humana foi provocado pelas próprias escolhas, sem uma real preocupação com as consequências. Ao transferir a responsabilidade para as máquinas, a humanidade se exime de reconhecer que a frieza do mundo fora da Matrix é um reflexo de suas próprias escolhas – uma ilusão que começou antes mesmo do domínio das máquinas.
Desconfiar da realidade impede a tomada de atitudes reais, como se qualquer atitude pudesse desaparecer no segundo seguinte. Essa desconfiança dissolve qualquer propósito ou ideal, pois, sem uma base fixa, não há nada sólido o suficiente para sustentar um verdadeiro comprometimento. Sem confiança na realidade, até a rebeldia se torna vazia, sem sentido.