No caráter anticristão de Matrix, é curioso notar que não há igrejas dentro do Sistema, e as expressões religiosas em Zion remetem a ritos tribais, sem referência a um Ser Supremo. Neo é adorado como uma divindade e recebe oferendas dos habitantes de Zion, sem nenhuma ligação ao transcendental, centrado apenas no humano e desprovida de propósito espiritual.
O próprio nome Zion remete a Sião, local sagrado para cristãos e judeus. Contudo, em Matrix, Zion é um local profano, reflexo distorcido da verdadeira Sião: seus habitantes estão mais preocupados com festas do que com a busca por uma forma de acabar com a dominação das máquinas.
Assim como a Red Pill nada mais é que uma releitura do Fruto Proibido, Zion é uma paródia da verdadeira Sião, o local de elevação a Deus transformado em abismo de perdição. A fuga da prisão mental do Sistema acaba em uma nova prisão, onde os prazeres se tornam uma única motivação.
Como discutido anteriormente, a verdadeira liberdade vai além do rompimento de amarras; ela requer propósito e direção para alcançar a finalidade última, a felicidade, o Bem Supremo.
Isso só é possível através da aceitação da transcendência, de que há algo além, e de que a realidade é, de fato, verdadeira. Em Zion, a falta de um propósito superior transforma a luta por liberdade em uma nova forma de aprisionamento, uma realidade fragmentada e carente de sentido. Sem transcendência, a liberdade não é verdadeira.